在水产养殖环境中的作用稳固水体菌藻相平衡：碳是藻类十分重要的营养元素，相当于是藻类的骨架。向水体中补充含碳源的物质能够补充有机碳，稳固水体菌藻相平衡，进而稳定水体的pH。例如很多水产养殖池塘中如果水中缺碳，藻类生长缓慢或者不稳定，补充像乙酸钠这样的碳源，可以为藻类的生长提供必要的碳元素，促进藻类的光合作用，增加水中的溶氧量；同时维持有益微生物在水体中的比例和活性，防止因天气突变等原因引起水质的剧烈变化，起到稳定养殖水体生态环境的作用。促进有益微生物和藻类繁殖：水体中的碳源富含发酵蛋白、同城氨基酸和还原糖时，能有助于促进有益藻类和微生物的繁殖生长，稳定水色。水产养殖中的藻类可以为养殖生物提供氧气、本地作为食物来源等重要作用，有益微生物则有助于分解水体中的有害物质、本地调节水体生态环境等，所以碳源通过促进它们的生长对整个养殖环境产生积极影响，如新生成的有益微生物能够分解残饵、粪便等，防止水中有机物的过度积累。

微生物是污水处理的核心力量，它们能够分解污水中的有机物，将其转化为无害物质，以此实现水质净化。而碳源是微生物的能量来源，就像汽车需要汽油才能运行一样，微生物需要靠碳源来维持其生长速度和活性。不同种类的微生物因为自身所能产生的酶系不同，可利用的碳源也不同。例如在生物化学反应中，微生物可以利用碳源分解产生的化学能，用于自身生命活动中的代谢过程，这其中包括营养物质的摄取、当地细胞的分裂与繁殖、合成细胞内的各种复杂的生物分子如蛋白质、核酸等。这些生物分子构建了微生物细胞的基本结构，是微生物生存和行使功能的重要基础。除了作为能量供给者之外，碳源还为微生物提供了合成细胞成分的碳骨架。细胞中的各种有机化合物，如多糖、当地脂质、附近蛋白质和核酸等，都需要碳元素作为基本的构建单元，而碳源为这些过程提供了必要的碳元素原料，在物质合成方面起到了不可替代的作用。例如，葡萄糖作为一种常见的碳源，在微生物分解过程中，其中的碳元素可以参与到细胞内糖原的合成过程中，为微生物储存能量以备后续的需求。